121 篇论文
系统生物学不再将生命视为孤立零件的堆砌，而是试图理解细胞内无数分子如何像交响乐般协同运作。这一领域通过整合海量数据，揭示基因、蛋白质与环境之间复杂的互动网络，让我们从整体视角去解读生命的奥秘，而非仅仅关注单一环节。
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莫特拉帕克（MoTrPAC）研究通过多组学分析揭示了单次耐力或阻力运动在静息成年人腹部皮下脂肪组织中引发的时间分辨分子程序，阐明了包括血管生成、线粒体代谢及候选外泌体激素在内的脂肪特异性机制，从而解释了运动如何促进代谢健康。
本文提出了 MAPLE 框架，通过引入分离数据提取与建模决策的结构化验证模式，实现了大语言模型与定量系统药理学（QSP）建模者的高效协作，从而在确保数据来源可追溯且无幻觉错误的前提下，显著提升了胰腺癌 QSP 模型校准数据的准确性与可重复性。
该研究通过整合多组学数据的网络药理学方法，结合计算筛选与实验验证，发现并确认了牛磺熊去氧胆酸（TUDCA）和二吲哚甲烷（arundine）作为阿尔茨海默病潜在老药新用候选药物，其机制涉及通过调节 G 蛋白信号通路改善疾病相关分子表型。
本文提出了一种受环面拓扑启发的新型元启发式优化算法——环面搜索算法（TSA），该算法通过消除边界停滞问题并利用缠绕数自适应优化搜索策略，在基准测试及数学肿瘤学中的逆问题参数化应用中均展现出优于现有方法的鲁棒性与收敛性能。
本文提出了名为 TwinCell 的大型因果细胞模型，该模型利用体外扰动数据训练，通过多组学互作网络识别驱动细胞状态转变的上游调控因子，在无需疾病特异性监督的情况下实现了跨组织、跨疾病的可靠治疗靶点优先排序及机制可解释性，并显著优于现有基准方法。
该研究基于 MoTrPAC 项目，通过整合多组学分析揭示了人体骨骼肌对急性耐力与抗阻运动的分子响应具有独特的时序特征，其中染色质可及性、磷酸化蛋白质组和代谢组的早期变化先于转录组和蛋白质组，并共同调控了自噬、血管生成及代谢等关键通路。
该研究揭示了由肝脏生物钟控制的循环代谢物烟酸核糖（NaR）通过靶向 prefoldin 复合物激活未折叠蛋白反应并调控 CEBPA 表达，从而以时间依赖的方式影响脂肪细胞分化及脂质沉积，阐明了系统性昼夜代谢信号塑造组织特异性生理功能的新机制。
该研究概述了运动分子传导物联盟（MoTrPAC）在COVID-19暂停前对206名健康久坐受试者进行的急性与慢性耐力及抗阻运动干预，证实了这两种运动模式能显著改善生理指标并成功采集了多种组织样本，从而为解析不同运动方式促进健康的分子机制奠定了框架。
该研究提出了一种基于神经后验估计的无似然推断框架，成功克服了传统方法在复杂时空生物模型（如细胞迁移）参数校准中的局限性，能够从模拟数据中直接且准确地推断出包括细胞运动性、趋化性和增殖率在内的关键生物学参数。
该研究利用稳定同位素标记技术发现，肾脏衰老导致的纤维化主要源于细胞外基质（特别是基底膜和纤维胶原）降解能力受损及更新停滞，而非合成增加，且伴随基质蛋白结构改变和相互作用异常。